Seu primeiro diretor, Hermann von Ihering, ocupava-se de várias especialidades zoológicas, além de Etnografia, e concentrava em suas mãos toda a pesquisa da casa. Durante sua longa administração apenas alguns subalternos, com funções de curadoria, conseguiram ter atividade pessoal de pesquisa: Hermann Luederwaldt (coleóperos) e João Leonardo Lima (morcegos).
O Museu empregava um excelente naturalista viajante, Ernesto Garbe, permanentemente no campo; assim, acumulavam-se coleções variadas de diversas partes do Brasil, algumas das quais, como o Rio Juruá, explorado em 1901-1902, até então desconhecidas cientificamente. As coleções assim formadas eram esporadicamente estudadas por especialistas de fora, às vezes com resultados notáveis: Miranda Ribeiro em peixes e anfíbios, Brölemann em miriápodos.
Por ocasião da Primeira Guerra Mundial, Ihering foi demitido em meio a rumoroso e complicado inquérito, sendo sucedido pelo História dor e politécnico Affonso d'Escragnolle Taunay, que perdurou no cargo por mais de 20 anos. Taunay continuou a política de Ihering, de manter um naturalista viajante no campo, de constituir uma pequena equipe científica de curadoria e de usar mais ou menos intensamente colaboração externa. Durante sua administração, o Museu manteve um perfil científico modesto, mas profissionalmente respeitável.
A pequena equipe do Museu, contudo, concentrou-se em suas funções museológicas tradicionais, esperando melhores tempos e mantendo bom nível de pesquisa e, principalmente, de publicações. O primeiro diretor na Secretaria da Agricultura foi o agrônomo Salvador de Toledo Piza, de direção efêmera. Seguiu-se Oliverio Mário de Oliveira Pinto, ornitólogo de carreira na casa. Nessa fase foi o Museu transferido para o prédio adrede construído na avenida Nazaré, onde até hoje se encontra.
Com Guimarães iniciou o Museu sua caminhada consciente no sentido de empreender pesquisa em nível contemporâneo e ensino de pós-graduação. Essas metas foram plenamente atingidas em 1969, quando o Museu foi integrado à USP. Essa integração pode ser hoje considerada como completa, e caracteriza-se principalmente pela introdução de forte contingente de sistemática evolutiva ao currículo geral de ensino e pesquisa.
A maioria dos animais expostos, em uma área de
Junto com a criação do Departamento de Zoologia, foi projetado um novo prédio para a coleção zoológica.
Com o término da construção, em 1940-1941, o acervo zoológico foi transferido para o edifício que hoje ocupa.
Finalmente, em 1969, o museu passou a fazer parte da Universidade de São Paulo e recebeu seu nome atual.
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